电子商务行业网站是电子商务领域的重要组成部分。数据统计显示2007至2009年间，我国行业电子商务网站数量分别为4500、5080、7580家。截止到2010年12月，我国行业电子商务服务企业达9200家，同比增长21.3%。尽管行业电子商务网站数量在不断攀升，但是伴随竞争加剧，多数中小型行业网站由于多因素影响正面临着破产或转型的风险，行业网站将迎来“洗牌”局面。
　　1、同质化现象严重
　　行业电子商务网站面临的最重要的瓶颈因素就是商业模式创新难，同质化严重。由于每一个细分行业都有其特殊的行业特点、不同的交易方式和不同的交易需求，例如价格波动频繁、交易量大的石化行业对行情的需求比较迫切，机床产品则难以完全通过网络实现洽谈和交易，塑料产品物流环节需要重点控制，钢铁行业对周转资金需求量大，危险品的进出口贸易需要电子商务进行全程跟踪等等，因此行业网站一定要根据所专注的行业及其自身的特点和优势开展服务，准确定位个性化业务，找到属于自己的独特模式。像际通宝泵阀网，在清醒地认识到网站所服务的客户群体的电子商务应用要求后，准确创新了专业的选型系统，准确满足和引导企业用户的需求。行业网站不能盲目模仿，否则就会适得其反。
　　2、投入成本过高
　　行业网站在规划搭建和平日的运营上投入较大，尤其是从传统渠道跨向电子商务领域的传统企业，在成本投入上就更多。资金投入大不说，产出周期也长，网站平台在技术和运营推广层面都有较高的要求。相关人士通过调研计算发现，独立开展电子商务项目建设的保守估算周期为1年，投入资金最少需要 100万，其中还不包括运营推广以及调整成本。这样的数字对于大多数电子商务企业和想要做电子商务的传统企业来说，都是一个巨大的障碍，也是行业网站快速发展的一大门槛。
　　3、资源整合能力有限
　　行业网站作为集中行业企业、发布行业资讯的主要平台，已经成为中小型企业电子商务应用的重要途径。随着行业电子商务网站数量的不段增长，各个不同行业之间缺乏有效的关联性。例如可以既可以属于五金行业、又可以是电子行业的产品USB接口，假如只是单放在某一个行业的网站上，就会失去在另一个行业的商机;如果两个行业网站兼顾，又会增加时间和人力等成本。更何况有许多产品不仅仅只从属于两个行业。在这种情况下，资源的整合和流转就显得异常重要。对此，际通宝为在各个不同的行业网站之间建立联系，采用了行业网站连锁加盟模式，希望通过整合优质的行业网站资源，打通各行业领域信息的屏障，从而让广大企业在电子商务中能够更加便捷、高效地提升其在产业链中的广泛曝光度。而这种模式也一定程度上解决了行业网站发展中的一大瓶颈问题。
　　4、搜索引擎优化意识尚待提高
　　在搜索经济时代，互联网最大的入口就是搜索引擎，行业网站必须让自己的网站在搜索引擎里有好的表现，才能以最小的代价获得最大、最稳定的的人气。目前已具备强大的搜索引擎优化能力是阿里巴巴、环球资源、中国制造网、网盛生意宝等众多B2B企业取得成功的因素之一。但为数众多的垂直细分行业网站对搜索引擎优化重要性的认知不足，这导致其丧失众多机会，这类企业在这方面拥有大幅的提升空间。不过有消息透露，尽管际通宝在搜索引擎优化上与百度、google已展开深入密切的合作，但作为旗下的各行业网站加盟商都不需要在这方面有所担忧，因为际通宝采用的是统一品牌的策略，总站会全力负责品牌的推广活动。需要注意的是，虽然商家会把50%精力花在搜索引擎上，但搜索引擎本身不产生内容，搜索引擎最终还是会把商家带到B2B平台等信息源。
　　5、盈利模式单一难以规模化
　　目前，行业网站的盈利模式主要是靠会员付费以及网站的广告费来取得收入，模式比较单一。中国社会科学院经济学部学部委员周叔莲表示，企业要提高创新能力，才能更好的实现经济发展方式的转变。际通宝CEO丁国栋也认为，企业如果不创新就没有出路。传统企业在顺应时代的潮流进入互联网领域后，要想在该领域开拓出自己的市场、成功实现互联网创业，就必须有所创新。针对行业网站的创新，丁国栋带领他的团队经过长时间的研究摸索，推出的行业网站连锁经营模式中除了网站广告、会员收费这两种盈利方式外，还有按效果付费、定期分成收益、投资收益等形式，努力向多元化盈利模式发展。
　　6、生存空间在一定程度上受到挤压
　　经过十余年的发展，阿里巴巴、生意宝、当当等电子商务龙头企业在IPO后快速而稳定发展，在某种程度上也进一步挤压了小型行业网站的生存空间。