Web应用具有所有适应的servlet引擎都理解的规定的目录结构。在目录的最上层，即应用根，包含HTML文档、JSP页面、图形和其他组成应用内容的任意资源。根下可以有包含应用的任意数目的子目录，与一个web服务器的文档树中的文件夹很相似。
根目录还包含一个名为WEB-INF的特殊目录。此目录及其子目录对应用用户不可视。它们包含servlet、类、.jar文件和组成应用的可操作部分的配置数据。在WEB-INF中有3个记录入口：1、classes，此目录包含servlet和其他类。这些类自动被servlet类载入器所发现，好像它们位于应用的类路径中。Classes可以有对应于包结构的子目录，与一个类路径中任何其他目录一样。2、lib类似于classes，但包含.jar文件。此目录任意.jar文件下的类都是自动可利用于类载入器，不需要在某类路径下显式列出。3、web.xml，这是被称为发布描述器的XML文档。它有与厂家无关的严格定义的结构，用于配置组成web应用的servlet和其他资源。
虽然servlet API规范并未定义任何特殊资源，在WEB-INF下还可以包含其他文件和子目录。常用的一个子目录是tlds，它包含JSP定制标签的标签库描述器。因为此子目录中的入口对应用类可视，但对用户不可视，WEB-INF常用语指定厂家的功能。通常，WEB-INF适合于在web应用中要用到的对用户的直接访问隐藏起来的任意数据。
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